作物會生出病原菌與害蟲的原因:
1‧栽種的方式。
2‧栽種的環境。
3‧栽種的時機。
4‧作物本身的抵抗力。
5‧蟲與菌原。
病因與防治法
1‧栽種的方式:
單一作物如果長期連做，因為須要的養份太接近，會使得在土壤中的某一種微生物特別活躍，而某一種特別不活躍，而破壞整個微生物的生態，土壤開始變質，病蟲菌開始增加而使作物容易生病，如蕃茄、茄子、碗豆、扁豆等都會發生這種情形。
解決方式:
可採用輪作或混作。
輪作:依作物的特性，輪流耕種，不但可防病蟲害，而且可以改善土壤的地力。
混作:就是所謂的共榮栽種，將兩種以上的作物同時栽種，例如茄科與韭菜，可利用韭菜的氣味趕走茄科的害蟲，還有像蔥可以幫瓜科植物趕走害蟲，堪稱是很好的防蟲法。
2‧栽種的環境:
土壤本身如果排水性不良，很容易讓害菌、蟲滋生，還有像土壤的酸鹼失衡，氮碳失衡，都是創造病蟲害的溫床。
解決方式: 治標可用灌水和犁耕，使病害蟲的巢穴直接曝露在地面而死或被天敵取食。
最好的方式還是改變土質，解決土壤的排水問題，用綠肥或薰碳改變酸度，以及減少堆肥的氮素等。
3‧栽種的時機:
寒性的作物如果在夏天栽種，很容易有病蟲害，因為整個氣候的不合宜。
解決方式:配合節令，栽種適時的作物，所以自然農作法在什麼時節種什麼作物，大概都是固定的，所以你在市場上買得東西也會蠻一致的，雖然比較沒變化，可是確定就是最好的蔬果。
另外可避開某作物的害蟲時期去栽種，如甜玉米最怕玉米螟，而玉米螟在台灣最少的時候是冬季，所以只要還選用耐寒品種的甜玉米，自然就沒有什麼病蟲的問題了。
4‧作物本身的抵抗力:
在選擇種子就要注要品種，因為作物本身的抗病蟲力也有不同，要選擇健康的作物品種。
5‧蟲與菌原:
自然農作還有下列幾種方法來減少病蟲害。
種忌避植物:
在田邊種忌避植物，例如茴香、藻荷草、蝦夷蔥、除蟲菊、薄荷、一串紅、波斯菊…等等， 不但它們的味道可驅蟲，而且有的顏色還相當漂亮。
物理防治法:
利用光、顏色、網室來阻絕害蟲;或者利用誘蟲燈、捕蟲網、粘紙等方法來捕殺害蟲，是比較費時費力的 方法。
生物防治法:
利用大自然界生物相生相剋的法則來達到阻絕害蟲的目的，例如有可捕食性昆蟲，蜻蜓、瓢蟲、 胡蜂、椿象等;還有寄生性昆蟲如日本引進的寄生蜂;還有蟲的天敵鳥類…等;在田邊掛起性費洛蒙來誘捕。
自然農藥:
用天然的材料做成的天然農藥，也有它的效果，例如辣椒油、大蒜水可驅離害蟲;還有糖醋液，由黑糖 酵素液與釀造醋混合而成，噴灑在作物可達到良好的防蟲效果;另像樟腦油可防螞蟻。
其實在作物偶而發現蟲孔，實在不必太在乎，畢境，蟲也是大自然生態的一部分，我們 實在應該反來告訴消費者，這樣才是有機、健康的蔬菜，買菜不要被有些菜的漂亮外表給騙了。
野草的防治法
1‧種植防治法:種植如菬子草的覆蓋性植物，把主作物以外的地方覆蓋起來，它不但可防治野草，而且不會蓋住主作物 ，而且它的味道還可驅蟲，又可防止水田散發，有土壤保水的功能，掩堆入土，是很好的綠肥;其他如油菜、 田菁、太陽麻也是不錯的間作物。
2‧覆蓋法:用栽培廢棄物，如稻草、稻殼、麥桿、蔗葉、樹皮等覆蓋在非作物間，或者是用飼料袋也是很好的 覆蓋物質。
3‧種植綠肥:利用農閒時種植綠肥作物，等到綠肥作物成熟，將其翻入土中，使得雜草種子深入土中，不易萌生。
4‧人工或機械除草:有手推或機械式的除草機。
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